Одновременно с работами по подготовке к реставрации Преображенской церкви проводятся постоянные профилактические мероприятия на объекте и осуществляется контроль за его техническим состоянием.
Помещения церкви проверяются на наличие протечек. Чтобы исключить попадание влаги внутрь объема памятника и препятствовать загниванию сруба, в течение летне-осеннего периода регулярно проводились работы по герметизации кровель. Особое внимание уделялось «слабым» местам примыкания конструкций кровли к срубам. Герметизированы практически все участки возможных крупных протечек. По итогам этой работы в 2005–2007 годах проводились контрольные проверки, которые не выявили протечек.
В целях увеличения срока службы лемехового покрытия ежегодно проводится чистка кровель от мхов и лишайников с помощью специальных скребков, одновременно с этим вычищаются потоки для лучшего отвода воды с кровли. Таким образом обработано 80% кровли Преображенской церкви.
Из наиболее важных мероприятий 2005 года отдельно стоит отметить укрепление основания креста центральной главы храма. По рекомендации специалистов Института леса КарНЦ РАН было произведено обследование 22-х крестов Преображенской церкви и выявлено аварийное состояние главного и самого большого креста церкви, который мог рухнуть при штормовом ветре, переломившись в районе «яблока». Срочно были организованы противоаварийные работы: снято старое «яблоко» с практически сгнившей древесиной, с помощью металлических полос укреплена основная ось креста и, как временная мера, проведена имитация «яблока» с помощью пенообразующих составов. Все работы от обнаружения до имитации были выполнены за три дня специалистами музея-заповедника. В 2007 году для кардинального решения вопроса старое «яблоко» было демонтировано и взамен его изготовлено и установлено новое деревянное «яблоко». Для того, чтобы вести высотные работы более эффективно, не нарушать внешний вид памятника устройством внешних временных лесов и подмостей, а также для проведения работ своими силами без привлечения дорогостоящих посторонних специалистов, музеем в 2004 году было направлено четыре сотрудника на обучение специальности «Промышленный альпинизм» в учебном центре МЧС России (г. Ногинск). По итогам первого опыта проведения специализированных высотных работ был проведен анализ, который показал высокую эффективность и мобильность проведения сложных мероприятий по сохранению памятника. В 2005 году обучение прошли еще два сотрудника и сегодня этой профессией в музее владеют: Любимцев А.Ю., Зайцев И.С., Романов А.Н., Куусела А.С., Стукалов Я.С. и Косканен А.Е. В 2007 году была проведена переподготовка и аттестация ранее обученных специалистов. Таким образом, музей получил возможность регулярно проводить необходимые высотные работы на памятнике.
Совместно с Институтом леса КарНЦ РАН проводится постоянный контроль параметров микроклимата внутри церкви. Согласно рекомендациям Института леса осуществляется: проветривание чердачных помещений и подклетов для создания благоприятного температурно-влажностного режима; мониторинг биопоражений и мероприятия по снижению их интенсивности (ставятся ловушки для жуков-точильщиков, обрабатываются участки помещения); проведено удаление грунта от нижних венцов юго-западной панели основного восьмерика и южной стены западного прируба, что способствовало снижению влажности древесины нижних венцов. Одновременно с этим осуществляется уборка пыли и мусора внутри церкви.
В 2005 году с помощью акустического детектора выявлены зоны активности домового точильщика. Обследование показало, что в основном присутствуют старые очаги поражения, в которых не наблюдается развитие этого вредителя в настоящее время. Зон развития дереворазрушающих грибов не выявлено, что говорит о создании нормального микроклимата в памятнике за последние годы. Вместе с тем отмечено перераспределение зон увлажнения древесины в церкви, особенно в средней части I-го восьмерика сруба Преображенской церкви.
Плотницким центром музея в 2005 году проведен мелкий ремонт косоура лестничного марша крыльца храма и установка сжима на северной стене трапезной. Эти работы тоже носят профилактический характер для предотвращения деформаций и деструкции древесины.
Ежегодно проводится мониторинг деформаций Преображенской церкви Институтом «Спецпроектреставрация», г.Москва. Проведенная за последнее десятилетие работа показала стабильный характер состояния памятников Кижского погоста, без угрозы потери их устойчивости.